El período de tiempo que va desde el inicio de actuaciones de comprobación por parte de la Administración hasta que medie acto administrativo firme que regularice la situación del obligado tributario no computa en el plazo establecido para la rectificación de las cuotas inicial e incorrectamente repercutidas.​

Requisitos para la rectificación de cuotas incorrectamente repercutidas.

Como consecuencia de una comprobación de la Administración a un proveedor, el contribuyente recibe facturas rectificativas, en las cuales se le repercuten unas cuotas que no se repercutieron en las facturas originales; algunas fueron expedidas hace más de 4 años. Se cuestiona si el sujeto pasivo está obligado a soportar esta repercusión y, en su caso, si tiene derecho a su deducción.

La LIVA establece el momento en que se ha de proceder a la rectificación de las cuotas incorrectamente repercutidas, que es aquel en que se adviertan las causas de su incorrecta determinación. En este punto, resulta necesario que el proveedor hubiera expedido una factura en la que se documentaran inicialmente estas operaciones, como ocurre en este caso.

Adicionalmente, y debido a que ha habido actuaciones de comprobación por parte de la Administración, la rectificación de cuotas impositivas se ha de realizar en el momento en que se ponga en conocimiento del proveedor el acto administrativo por el que se regulariza su situación tributaria, y queda obligado a la rectificación de las facturas siempre que no hubiesen transcurrido cuatro años a partir del momento en que se devengó el impuesto correspondiente a la operación. Dentro de este plazo no se computa el período de tiempo que va desde el comienzo de las actuaciones de los órganos de la Administración tributaria hasta la regularización de la situación tributaria del sujeto pasivo mediante acto administrativo firme (DGT CV 12-5-12​).

Por otra parte, y por las actuaciones de comprobación llevadas a cabo por la Administración, la LIVA indica que no procede la rectificación de las cuotas impositivas repercutidas en el caso, entre otros, de que sea la Administración quien ponga de manifiesto cuotas impositivas devengadas y no repercutidas mayores que las declaradas por el sujeto pasivo, siempre y cuando resulte acreditado que este último participaba en un fraude (LIVA art.89.Tres.2º). A este respecto, resulta necesario que la Administración no haya acreditado, en el curso de sus actuaciones, que el proveedor de la consultante se encontraba en este supuesto.

Respecto del derecho a la deducción de las cuotas que le hubieran sido repercutidas al consultante mediante las facturas rectificativas, estas son deducibles en la medida en que hayan sido rectificadas conforme a Derecho, en ningún caso en cuantía superior a la que legalmente corresponda ni antes de que se hubiesen devengado con arreglo a derecho, y cumpliendo los restantes requisitos analizados más arriba.

Por último, si existe discrepancia entre el consultante y su proveedor respecto de la procedencia o no de la rectificación de las cuotas impositivas no repercutidas en las facturas originales, la LIVA establece que las controversias que puedan producirse con referencia a la repercusión del Impuesto, tanto respecto a la procedencia como a la cuantía de la misma, se consideran de naturaleza tributaria a efectos de las correspondientes reclamaciones en la vía económico-administrativa.